日本学術会議の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する内閣府令

（監査報告の作成）第一条日本学術会議法（令和七年法律第七十号。以下「法」という。）第十九条第一項の規定により内閣府令で定める事項については、この条の定めるところによる。２監事は、法第一条の目的及び法第二条の基本理念を踏まえ、職務を遂行する責務を有する。３監事は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。この場合において、役員（監事を除く。第一号並びに第六項第三号及び第四号において同じ。）及び役員以外の日本学術会議会員（以下「会員」という。）は、監事の職務の執行のための必要な体制の整備に留意しなければならない。一日本学術会議（以下「会議」という。）の役員、役員以外の会員及び職員二その他監事が適切に職務を遂行するに当たり意思疎通を図るべき者４前項の規定は、監事が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。５監事は、その職務の遂行に当たり、必要に応じ、会議の他の監事との意思疎通及び情報の交換を図るよう努めなければならない。６監査報告には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一監事の監査の方法及びその内容二会議の業務が、法令等に従って適正に実施されているかどうか並びに法第一条の目的及び法第四十二条第一項に規定する中期的な活動計画（以下「中期的な活動計画」という。）に定める目標の着実な達成に向け効果的かつ効率的に実施されているかどうかについての意見三会議の役員、役員以外の会員及び職員の職務の執行が法令等に適合することを確保するための体制その他会議の業務の適正を確保するための体制の整備及び運用についての意見四会議の役員、役員以外の会員及び職員の職務の遂行に関し、不正の行為又は法令等に違反する重大な事実があったときは、その事実五監査のため必要な調査ができなかったときは、その旨及びその理由六監査報告を作成した日

（監事の調査の対象となる書類）第二条法第十九条第三項に規定する内閣府令で定める書類は、法、準用通則法（法第五十二条において準用する独立行政法人通則法をいう。以下同じ。）及び日本学術会議法施行令（令和七年政令第二百九十九号。以下「令」という。）の規定に基づき内閣総理大臣に提出する書類とする。

（中期的な活動計画の作成及び変更）第三条会議は、中期的な活動計画を定め、又はこれを変更しようとするときは、日本学術会議評価委員会に対し、相当の期間をおいて当該中期的な活動計画の案を示した上、法第四十二条第三項に規定する意見を聴いた後に定め、又はこれを変更しなければならない。

（中期的な活動計画に定める会議の活動に関する事項）第四条法第四十二条第二項第四号に規定する内閣府令で定める会議の活動に関する事項は、次に掲げるものとする。一人事に関する計画二施設及び設備に関する計画三その他中期的な活動計画に定める目標を達成するために必要な事項

（年度計画の作成及び変更）第五条法第四十三条に規定する年度計画（以下「年度計画」という。）には、中期的な活動計画に定めた事項に関し、当該事業年度において実施すべき事項を記載しなければならない。２法第四十三条の規定による公表は、インターネットの利用その他の適切な方法により行うものとする。３会議は、年度計画を変更したときは、変更した事項及びその理由を公表しなければならない。

（自己点検評価の方法）第六条法第四十四条第二項に規定する自己点検評価（以下「自己点検評価」という。）は、同条第一項第一号、第二号又は第三号に定める事項について総合的な評定を付して、行わなければならない。この場合において、同項各号に規定する当該事業年度における業務の実績に関する自己点検評価は、当該事業年度における中期的な活動計画の実施状況の調査及び分析を行い、その結果を考慮して行わなければならない。２法第四十四条第二項の自己点検評価書には、当該自己点検評価書が次の表の上欄に掲げる自己点検評価書のいずれに該当するかに応じ、同表の下欄に掲げる事項を記載しなければならない。その際、会議は、当該自己点検評価書には自己点検評価の根拠となる情報が記載されるべきものであることに留意しつつ、会議の事務及び事業の性質、内容等に応じて区分して同欄に掲げる事項を記載するものとする。事業年度における業務の実績及び当該実績について自己点検評価を行った結果を明らかにした自己点検評価書一　当該事業年度における業務の実績。なお、当該業務の実績が法第四十二条第二項第一号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第二号から第四号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ　中期的な活動計画及び年度計画の実施状況ロ　当該事業年度における業務運営の状況ハ　当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該事業年度の属する中期的な活動計画に係る期間における当該事業年度以前の毎年度の当該指標の数値ニ　当該事業年度の属する中期的な活動計画に係る期間における当該事業年度以前の毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報二　当該業務の実績が法第四十二条第二項各号に掲げる事項に係るものである場合には、前号に掲げる業務の実績について会議が自己点検評価を行った結果。なお、当該自己点検評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ　中期的な活動計画に定めた目標ごとの評定及び当該評定を付した理由ロ　業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策ハ　過去の自己点検評価書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況中期的な活動計画に係る期間の終了時に見込まれる当該期間における業務の実績及び当該実績について自己点検評価を行った結果を明らかにする自己点検評価書一　中期的な活動計画に係る期間の終了時に見込まれる当該期間における業務の実績。なお、当該業務の実績が法第四十二条第二項第一号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第二号から第四号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ　中期的な活動計画の実施状況ロ　当該期間における業務運営の状況ハ　当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値ニ　当該期間における毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報二　当該業務の実績が法第四十二条第二項各号に掲げる事項に係るものである場合には、前号に掲げる業務の実績について会議が自己点検評価を行った結果。なお、当該自己点検評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ　中期的な活動計画に定めた目標ごとの評定及び当該評定を付した理由ロ　業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策ハ　過去の自己点検評価書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況中期的な活動計画に係る期間における業務の実績及び当該実績について自己点検評価を行った結果を明らかにする自己点検評価書一　中期的な活動計画に係る期間における業務の実績。なお、当該業務の実績が法第四十二条第二項第一号に掲げる事項に係るものである場合には次のイからニまで、同項第二号から第四号までに掲げる事項に係るものである場合には次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ　中期的な活動計画の実施状況ロ　当該期間における業務運営の状況ハ　当該業務の実績に係る指標がある場合には、当該指標及び当該期間における毎年度の当該指標の数値ニ　当該期間における毎年度の当該業務の実績に係る財務情報及び人員に関する情報二　当該業務の実績が法第四十二条第二項各号に掲げる事項に係るものである場合には、前号に掲げる業務の実績について会議が自己点検評価を行った結果。なお、当該自己点検評価を行った結果は、次のイからハまでに掲げる事項を明らかにしたものでなければならない。イ　中期的な活動計画に定めた目標ごとの評定及び当該評定を付した理由ロ　業務運営上の課題が検出された場合には、当該課題及び当該課題に対する改善方策ハ　過去の自己点検評価書に記載された改善方策のうちその実施が完了した旨の記載がないものがある場合には、その実施状況

３会議は、前項に規定する自己点検評価書を日本学術会議評価委員会に提出したときは、速やかに、当該自己点検評価書をインターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。

（財務諸表）第七条法第四十五条第一項の内閣府令で定める書類は、独立行政法人会計基準（平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準をいう。第十五条第三項において同じ。）に定める純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書並びに同基準に定める行政コスト計算書に相当する書類とする。

（事業報告書の作成）第八条法第四十五条第二項の規定により内閣府令で定める事項については、この条の定めるところによる。２事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。一会議の目的及び業務内容二中期的な活動計画に定めた目標の概要三会議の理念並びに運営上の方針及び戦略四中期的な活動計画及び年度計画の概要五持続的に適正な活動を行うための源泉六業務運営上の課題及びリスクの状況並びにその対応策七業績の適正な評価に資する情報八業務の成果及び当該業務に要した資源九予算及び決算の概要十法第四十五条第一項に規定する財務諸表の要約十一財政状態及び運営状況十二内部統制の運用状況十三会議に関する基礎的な情報

（財務諸表等の閲覧期間）第九条法第四十五条第三項の内閣府令で定める期間は、五年とする。

（法第四十五条第三項の規定による公告に代えて公告を行うための電磁的方法）第十条法第四十五条第四項第二号に規定する電子情報処理組織を使用する方法その他の情報通信の技術を利用する方法であって内閣府令で定めるものは、送信者の使用に係る電子計算機に備えられたファイルに記録された情報の内容を電気通信回線を通じて情報の提供を受ける者の閲覧に供し、当該情報の提供を受ける者の使用に係る電子計算機に備えられたファイルに当該情報を記録する方法とする。２法第四十五条第四項第二号に規定する措置であって内閣府令で定めるものは、前項に規定する方法のうち、インターネットに接続された自動公衆送信装置（公衆の用に供する電気通信回線に接続することにより、その記録媒体のうち自動公衆送信の用に供する部分に記録され、又は当該装置に入力される情報を自動公衆送信する機能を有する装置をいう。）を使用するものによる措置とする。

（積立金充当方法書に記載すべき事項）第十一条令第二条第一項に規定する内閣府令で定める事項は、法第四十七条第一項に規定する次の中期的な活動計画に係る期間における積立金の使途に積立金を充てようとする理由とする。

（積立金の処分に係る承認申請書の添付書類）第十二条令第二条第三項に規定する内閣府令で定める書類は、同項に規定する期間最終事業年度の事業年度末の貸借対照表及び当該期間最終事業年度の損益計算書とする。

（準用通則法第八条第三項の内閣府令で定める重要な財産）第十三条準用通則法第八条第三項の内閣府令で定める重要な財産は、会議の保有する財産であって、準用通則法第四十六条の二第一項本文又は第二項本文の認可に係る申請の日における帳簿価額（現金及び預金にあっては、当該申請の日におけるその額）が五十万円以上のもの（その性質上準用通則法第四十六条の二第一項本文、第二項本文及び第三項から第五項までの規定により処分することが不適当なものを除く。）その他内閣総理大臣が定める財産とする。

（業務方法書に記載すべき事項）第十四条準用通則法第二十八条第二項の内閣府令で定める事項は、次のとおりとする。一法第三十七条第一号に規定する学術に関する重要事項の審議及びその実現に関する事項二法第三十七条第二号に規定する連携の確保及び強化に関する事項三法第三十七条第三号に規定する社会環境の整備に関する事項四法第三十七条第四号に規定する交流に関する事項五法第三十七条第五号に規定する附帯業務に関する事項六業務委託の基準七競争入札その他契約に関する基本的事項八その他会議の業務の執行に関して必要な事項

（会計の原則）第十五条会議の会計については、この府令の定めるところにより、この府令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。２金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第三十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。３独立行政法人会計基準は、この府令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。

（円滑な再就職に特に配慮を要する業務の範囲）第十六条準用通則法第五十条の四第二項第一号に規定する円滑な再就職に特に配慮を要する業務として内閣府令で定めるものは、次に掲げるものとする。一基礎研究二福祉に関する業務三研究開発に関する業務（第一号に掲げる業務を除く。）

（密接関係法人等の範囲）第十七条準用通則法第五十条の四第三項に規定する営利企業等（以下「営利企業等」という。）のうち、資本関係、取引関係等において会議と密接な関係を有するものとして内閣府令で定めるものは、次に掲げるものとする。一会議（会議により財務及び営業又は事業の方針を決定する機関（株主総会その他これに準ずる機関をいう。次条において「意思決定機関」という。）を支配されている営利企業等で次条に定めるものを含む。）が他の営利企業等の財務及び営業又は事業の方針の決定に対して重要な影響を与えることができる場合における当該他の営利企業等として第十九条に定めるもの二準用通則法第五十条の四第一項の規定により禁止される提供、依頼又は要求の日（次号において「行為日」という。）前五年間に係る営利企業等の事業年度（以下この号において「事業年度」という。）のうちいずれかの事業年度において会議との間に締結した売買、賃借、請負その他の契約（電気、ガス又は水道水の供給及び日本放送協会による放送の役務の給付を受ける契約を除く。）の総額が二千万円以上である営利企業等であって、当該契約の総額の当該事業年度における売上額又は仕入額等の総額に占める割合が二十五パーセント（資本の額又は出資の総額が三億円以上であり、かつ、常時雇用する従業員の数が三百人以上である営利企業等にあっては、十パーセント）以上であるもの三行為日前五年間に、会議に対し、補助金等（補助金、負担金、利子補給金その他相当の反対給付を受けない給付金をいう。）の交付に係る申請中の期間がある営利企業等

（子会社の範囲）第十八条前条第一号に規定する会議により意思決定機関を支配されている営利企業等は、会議により意思決定機関を支配されている会社等（会社、組合その他これらに準ずる事業体（外国におけるこれらに相当するものを含む。）をいう。以下同じ。）（以下「子会社」という。）とする。この場合において、会議及びその子会社又は会議の子会社が、他の会社等の意思決定機関を支配している場合における当該他の会社等も、会議の子会社とみなす。２前項に規定する子会社とは、次に掲げる会社等をいう。ただし、財務上又は営業上若しくは事業上の関係からみて会議から意思決定機関を支配されていないことが明らかであると認められる会社等は、この限りでない。一会議が会社等（民事再生法（平成十一年法律第二百二十五号）の規定による再生手続開始の決定を受けた会社等、会社更生法（平成十四年法律第百五十四号）の規定による更生手続開始の決定を受けた株式会社、破産法（平成十六年法律第七十五号）の規定による破産手続開始の決定を受けた会社等その他これらに準ずる会社等であって、かつ、有効な支配従属関係が存在しないと認められる会社等を除く。以下この項において同じ。）の議決権の過半数を自己の計算において所有している場合における当該会社等二会議が、会社等の議決権の百分の四十以上、百分の五十以下を自己の計算において所有し、かつ、次に掲げるいずれかの要件に該当する場合における当該会社等イ自己の計算において所有している議決権と自己と出資、人事、資金、技術、取引等において緊密な関係があることにより自己の意思と同一の内容の議決権を行使すると認められる者及び自己の意思と同一の内容の議決権を行使することに同意している者が所有している議決権とを合わせて、会社等の議決権の過半数を占めていること。ロ役員、役員以外の会員若しくは職員又はこれらであった者で自己が会社等の財務及び営業又は事業の方針の決定に関して影響を与えることができる者が、当該会社等の取締役会その他これに準ずる機関の構成員の過半数を占めていること。ハ会社等の重要な財務及び営業又は事業の方針の決定を支配する契約等が存在すること。ニ会社等の資金調達額（貸借対照表の負債の部に計上されているものに限る。）の総額の過半について融資（債務の保証及び担保の提供を含む。以下この号及び次条第二号ロ（２）において同じ。）を行っていること（自己と出資、人事、資金、技術、取引等において緊密な関係のある者が行う融資の額を合わせて資金調達額の総額の過半となる場合を含む。）。ホその他会社等の意思決定機関を支配していることが推測される事実が存在すること。三会議が、自己の計算において所有している議決権と、自己と出資、人事、資金、技術、取引等において緊密な関係があることにより自己の意思と同一の内容の議決権を行使すると認められる者及び自己の意思と同一の内容の議決権を行使することに同意している者が所有している議決権とを合わせた場合（自己の計算において議決権を所有していない場合を含む。）に会社等の議決権の過半数を占め、かつ、前号ロからホまでに掲げるいずれかの要件に該当する場合における当該会社等

（関連会社等の範囲）第十九条第十七条第一号に規定する当該他の営利企業等は、次に掲げるものとする。一会議の子会社二会議（会議が子会社を有する場合には、当該子会社を含む。）が、出資、人事、資金、技術、取引等の関係を通じて、子会社以外の他の会社等の財務及び営業又は事業の方針の決定に対して重要な影響を与えることができる次のイ、ロ又はハに掲げる場合における当該子会社以外の他の会社等。ただし、財務上又は営業上若しくは事業上の関係からみて当該子会社以外の他の会社等の財務及び営業又は事業の方針の決定に対して重要な影響を与えることができないことが明らかであると認められるときは、この限りでない。イ子会社以外の他の会社等（民事再生法の規定による再生手続開始の決定を受けた会社等、会社更生法の規定による更生手続開始の決定を受けた株式会社、破産法の規定による破産手続開始の決定を受けた会社等その他これらに準ずる会社等であって、かつ、当該会社等の財務及び営業又は事業の方針の決定に対して重要な影響を与えることができないと認められるものを除く。以下この号において同じ。）の議決権の百分の二十以上を自己の計算において所有している場合ロ子会社以外の他の会社等の議決権の百分の十五以上、百分の二十未満を自己の計算において所有している場合であって、かつ、次に掲げるいずれかの要件に該当する場合（１）会議の役員、役員以外の会員若しくは職員又はこれらであった者であって、かつ、自己が子会社以外の他の会社等の財務及び営業又は事業の方針の決定に関して影響を与えることができるものが、当該子会社以外の他の会社等の代表取締役、取締役又はこれらに準ずる役職に就任していること。（２）子会社以外の他の会社等に対して重要な融資を行っていること。（３）子会社以外の他の会社等に対して重要な技術を提供していること。（４）子会社以外の他の会社等との間に重要な販売、仕入れその他の営業上又は事業上の取引があること。（５）その他子会社以外の他の会社等の財務及び営業又は事業の方針の決定に対して重要な影響を与えることができることが推測される事実が存在すること。ハ自己の計算において所有している議決権と、自己と出資、人事、資金、技術、取引等において緊密な関係があることにより自己の意思と同一の内容の議決権を行使すると認められる者及び自己の意思と同一の内容の議決権を行使することに同意している者が所有している議決権とを合わせた場合（自己の計算において議決権を所有していない場合を含む。）に子会社以外の他の会社等の議決権の百分の二十以上を占め、かつ、ロ（１）から（５）までに掲げるいずれかの要件に該当する場合三会議の業務の一部又は会議の業務に関連する事業を行っている一般社団法人、一般財団法人その他の団体であって、会議が出資、人事、資金、技術、取引等の関係を通じて、その財務及び事業の方針決定を支配しているか、又はそれらに対して重要な影響を与えることができるもの

（退職手当通算予定役職員の範囲）第二十条準用通則法第五十条の四第五項に規定する特別の事情がない限り引き続いて採用が予定されている者のうち内閣府令で定めるものは、退職手当通算法人等（同条第四項に規定する退職手当通算法人等をいう。以下この条において同じ。）の役員又は退職手当通算法人等に使用される者となるため退職した場合に準用通則法第五十条の二第二項又は第五十条の十第二項の規定による退職手当の支給の基準により退職手当の支給を受けないこととされている者とする。

（再就職者による法令等違反行為の依頼等の届出の手続）第二十一条準用通則法第五十条の六の規定による届出は、同条各号に掲げる要求又は依頼を受けた後遅滞なく、次に掲げる事項を記載した書面を会長に提出して行うものとする。一氏名二会議の役員、役員以外の会員又は職員の地位三法令等違反行為（準用通則法第五十条の四第六項に規定する法令等違反行為をいう。第五号及び第六号において同じ。）の要求又は依頼をした再就職者（準用通則法第五十条の六第一号に規定する再就職者をいう。）の氏名四前号の再就職者がその地位に就いている営利企業等の名称及び当該営利企業等における当該再就職者の地位五法令等違反行為の要求又は依頼が行われた日時六法令等違反行為の要求又は依頼の内容

（内部組織）第二十二条準用通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた会議の内部組織として内閣府令で定めるものは、現に存する内部組織として内閣総理大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。次項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。２直近七年間に存し、又は存していた内部組織として内閣総理大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては、他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。

（管理又は監督の地位）第二十三条準用通則法第五十条の六第二号に規定する管理又は監督の地位として内閣府令で定めるものは、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして内閣総理大臣が定めるものとする。

（会長への再就職の届出）第二十四条準用通則法第五十条の七第一項の規定による届出をしようとする会議の役職員（同項に規定する会議役職員をいう。次項、第三項及び第四項第二号において同じ。）は、第四項各号に定める事項を記載した書面により、会長に届出をしなければならない。２準用通則法第五十条の七第一項の規定による届出をした会議の役職員は、当該届出に係る第四項第五号から第九号までに掲げる事項に変更があったときは、遅滞なく、その旨を会長に届け出なければならない。３準用通則法第五十条の七第一項の規定による届出をした会議の役職員は、当該届出に係る約束が効力を失ったときは、遅滞なく、その旨を会長に届け出なければならない。４準用通則法第五十条の七第一項に規定する内閣府令で定める事項は、次に掲げる事項とする。一氏名二会議の役職員の地位三再就職の約束をした日以前の会議の役職員（準用通則法第五十条の四第一項に規定する会議役職員をいう。第十号において同じ。）としての在職中において、再就職先に対し、最初に当該再就職先の地位に就くことを要求した日（当該日がなかった場合には、その旨）四再就職の約束をした日五離職予定日六再就職予定日七再就職先の名称及び連絡先八再就職先の業務内容九再就職先における地位十離職後の就職の援助（最初に会議の役職員となった後に行われたものに限る。以下この号において同じ。）を行った者の氏名又は名称及び当該援助の内容（離職後の就職の援助がなかった場合には、その旨）

（会長による報告）第二十五条準用通則法第五十条の八第三項の規定による報告は、毎年度（毎年四月一日から翌年三月三十一日までをいう。以下この条において同じ。）、当該年度の四月一日以後遅滞なく、当該年度の前年度にされた準用通則法第五十条の六の規定による届出並びに同年度に講じた準用通則法第五十条の八第一項及び第二項の措置の内容について行うものとする。